事实相当令人啼笑皆非。
在这个世界里，以“一切都可以研究”为宗旨的学窗会的那些疯狂科学家们最早想做的，是一个拥有完美的遗传基因和两性染色体，搭载称为“夏娃”的程式的活的ai。他们将称其为“完美的人类”的“母亲”。 而在进行脑波融合试验的过程中，研究员们打开了恶魔的盒子，他们发现了不仅身体可以通过调整基因来改良，就连“人格”都可以用调整基因的方法制造出来。因此，他们利用被称为“母亲”的实验体的基因，制造了可以控制的“杀人狂基因”。而之后，就和原作一样了，因为各种各样的理由，科学家和政治家们试图利用这个基因，于是就出现了“西园伸二”和“条形码们”。
但是在这个世界里，二十年前的“雨宫疗养院杀人纵火事件”后，最后逃出火海的少年并不是当上了警察的“小林洋介”，而是由于人格融合而觉醒的“雨宫一彦”。雨宫在之后被福利机构收养，并一直通过自己的努力接近真相，最后他化名“雨村”进入了研究所的最高层，并且在半默许半监视的情况下成为了“制造母亲计划”——也就是“link”计划的高级研究员。
于是就有了他醒来时的那一幕。
由于所有的“条形码们”的“杀戮基因”都来源于“母亲”，所以严格意义上来说，只要学窗会的疯子们拥有“母亲”，他们就可以随时通过控制“母亲”来控制那些隐性的杀人狂。为了逃脱学窗会的控制，他惟有杀了“母亲”。