后来满清建立，继承了明朝的宗藩制度，再次对琉球国王进行册封，日本德川幕府也不想得罪满清，继续允许琉球向满清朝贡，这就形成了琉球近代的政治现状，分别向日本和中国纳贡臣服。
论实际的控制力上，日本对琉球的控制显然更有力。
但现在有一个问题，日本对琉球的控制，学习的也基本上是中国那一套，也是从春秋战国事情的周天子和诸侯关系诞生出来的宗藩体系，称臣纳贡而已，琉球还能以一个国家的形态继续跟国际社会保持关系。
西方列强进入东亚之后，英美法俄等国都先后跟琉球签订过通商协议，因此在国际上，琉球可以说还是一个独立国家。因为这个事实，朱敬伦觉得非常有手脚能做。
日本上次侵犯台湾，打的借口是台湾土著杀害了琉球人，日本人高喊杀琉球人就是杀日本人，目的则是通过侵犯台湾保护琉球，或者说是通过对台湾的行动，得到对琉球实质性的控制。
明治维新之后，日本以极快的速度，接受了西方外交准则，学会了国际公法的理念，因此决定对琉球实施直接统治，而不是学自中国的附属国方式。
满清愚蠢的外交策略，让日本的所有图谋都得逞了，通过那50万两白银的赔偿，承认日本的行动是保民义举，间接的承认了琉球归属于日本。
日本为什么对琉球如此重视，原因很简单，琉球群岛从日本南部一直延伸到台湾，可以说是一根连接日本列岛跟中国大陆福健地区的锁链，日本得到琉球，大大拉近了跟中国大陆的距离，而中国得到琉球，军舰可以说就在日本列岛的腹部。
之前在幕府时代，日本可以默许琉球继续跟中国保持联系，因为这种联系并不损害日本对琉球的实际控制，同时日本还能从这种联系中受益，当时满清统治的大陆采取闭关锁国政策，对日本贸易很不重视，日本无法跟中国之间直航，可是通过琉球就可以了。有时候甚至出现了日本萨摩藩不同势力的船队，冒充琉球贡使在中国大打出手争夺进贡权力的闹剧。
明治维新之后，日本新政府了解了国际形势，明白如果继续任由琉球以一个独立的身份存在于中日之间，最后日本很可能会失去琉球，一个最重要的原因，就是日本了解到英国想得到琉球，将琉球打造成东北亚新加坡的意图。
英国人的目的让日本极为紧张，所以明治维新不久之后，日本就加强了对琉球的控制。
在没有获得琉球国的同意之下，1868年，日本维新政府的太政官令将琉球王国置于日本鹿儿岛县的管辖之下。1873年，命琉球受内务省管辖，租税上缴大藏省，将其纳入日本内政事务。1874年，命令琉球尊奉日本明治年号，不得再向清政府入贡。1877年，直接在琉球设立日本警察和司法机构，派遣三千萨摩武士改组的警察直接控制琉球的内政。
终于到了今年，已经牢牢控制住琉球之后，日本照会各国，表示琉球自古就是日本属国，日本今要直辖琉球，要求各国废除或改组在琉球的外交机构，并就各国与琉球曾经签订的各种国际条约进行重新商谈。
琉球国名也不在使用，而是恢复了古名，日语汉字写作冲绳，读音为阿儿奈波，南宋时期日本就使用这个名字来称呼琉球群岛。
琉球从此不再是一个国家，而是日本的冲绳县，琉球王室则被册封为日本华族。
朱敬伦建立大明国之后，琉球人出于长远考虑，认为还是满清的实力更强，加上一些中国传统的道义思想影响，认为不应该废除跟满清两百多年来的宗藩恩义，将原本设在福州的琉球馆迁到了天津，继续维持跟满清的关系，继续向清廷纳贡。
因此日本这几年在琉球的行动，清廷不可能置之不理，尤其是琉球本国请求的情况下，清廷那群以道义为第一大事的老夫子，逼着李鸿章必须帮助琉球。
琉球在1876年先后数次派遣使者到东京，恳求日本能够让琉球和清政府保持外交关系，没有得到日本政府的应允后，求到了清国驻日公使头上，因此清廷根本就无法装作不知情。1877年，清政府曾经派出使者对日本吞并琉球表示抗议，可北方正在闹灾荒，显然不可能阻止日本，李鸿章也没有为一个番邦跟日本开战的决心。
就在琉球国王被掳到东京之前，李鸿章还拜托美国总统就琉球问题进行调停。在美国总统的努力下，日本决定与清国换岛，将两座小岛赔偿给清国。清国这两座岛屿并不是给自己要的，而是希望用来安置琉球遗族，保持琉球社稷的，但是琉球官员认为两岛贫瘠并不同意。
至此日本再也不给机会了，直接废藩置县，改琉球为冲绳县，将琉球王掳到了东京去。
这件事满清和日本从始至终都没有征求过大明的态度，好像大明跟此事无关一样，法理上大明对琉球是没有任何管辖权，跟日本之间没有任何争议，但琉球的变动却不可能影响不到大明，在大明和日本之间，到底是接受一个独立的琉球国，还是面对一个日本的冲绳县，这没有选择，让日本的领土直面台湾岛，相当于让日本人的枪