后羿射杀九只金乌后，被妖族杀死。双方矛盾日益激化。东皇第十子取夸父、后羿精气于一葫芦，是为斩仙飞刀。（后来，在封神一战中，东皇第十子化为陆压道人，大放异彩）
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【大战经过】
巫族有剩余十祖巫（共工与祝融在不周山陨落），以及大量太古洪荒大巫（蚩尤、九凤、刑天、相柳、于儿、禺虢等等），一同杀上太古洪荒天庭。
妖族有东皇太一（执掌混沌钟），以及众多太古洪荒妖神（十大妖圣：计蒙、英招、白泽、飞诞、飞廉、九婴、呲铁、商羊、钦原、鬼车），凭借周天星斗大阵、混元河洛大阵守护天庭。
女娲由于身为圣人，不可逆了天数，又碍于与玄冥后土两女交好，故未插手妖巫之争。
经此一战，其余祖巫陨尽，玄冥修为最强，与太一同归于尽，妖巫俱损。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附仙道（如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主），巫妖两族由此势弱。大战过后，巫妖两族彻底失去了争霸洪荒的实力，被迫退出历史舞台。人族在三皇治世，五帝为君后兴盛，开始了称霸洪荒的时代。
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【修改版本：】
妖族有东皇太一（执掌混沌钟）、帝俊、羲和、望舒、妖师鲲鹏，以及众多太古洪荒妖神（十二妖神：商羊、陆吾/开明兽、计蒙、英招、白泽、穷奇、甪端、钦原、鬼车、毕方、九婴、重明鸟），凭借周天星斗大阵守护天庭（后期洪荒小说大多设定女娲心系妖族，五圣围堵娲皇宫）。
剩余十大祖巫、大巫九凤和另一位强横古大巫一同，运转十二都天神魔大阵，对抗妖族摆下的周天星斗大阵，以阵破阵。由于十二祖巫没有聚齐，无法凝聚出等同于天道圣人肉身出手的威力，而东皇太一又执掌东皇钟（混沌钟），帝俊执掌屠巫剑（戮巫剑：巫妖战前，羲皇遭祖巫围杀身陨，娘娘取混沌魔神伏羲尸首，在炼天炉中炼制而成），所以巫妖双方斗了个旗鼓相当。众大巫也与众妖族众人捉对厮杀。
最终，双方发死力，双双破败，众祖巫合身自爆，与东皇太一、帝俊等人同归于尽。其中，妖师鲲鹏偷取河图、洛书，逃之夭夭。
经此一战，太一、帝俊与祖巫俱身损，妖神、大巫死伤无数。剩余残存者有的隐退躲藏，有的散落洪荒星辰之中迷失方向。许多巫族残存者退隐幽冥地府，妖族残存者退守北俱芦洲。巫妖两族由此势弱。两族同归于尽，自此没落，人教大兴。
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大战结局
各教兴起
巫妖大战后人族大兴，各个天道圣人遂开派立教。太上老君所创的人教、元始天尊所创的阐教、通天教主所创的截教兴起。三清继承盘古大弟子名号，是为亲传弟子，三清各自所创的人教、阐教、截教合在一起称为盘古正宗，也称玄门，后统称道教。
接引道人演沙门，立西方教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为佛母菩提祖师（与女娲关系非同一般，如收孙悟空为弟子、共同培育三千佛陀等）。女娲的妖教则随巫妖大战泯灭（巫妖大战死伤无数，幸存的妖族中人大部分散落于洪荒星辰之中，女娲成了光杆司令）。
巫妖大战后，东皇太一陨落，天庭无主，三清推举鸿钧身边童子（昊天）为天庭玉帝、童女（瑶池）为天庭王母。
涿鹿之战
人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族（人为女娲所造，加上老子抢分人道、强立人教之前，人道妖道，合为一体，曾加入妖族大军攻打巫族），仍大战不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子（广成子为阐教十二金仙之首），广成子助轩辕对抗蚩尤（又有昊天天帝派九天玄女赠送天书），灭其部落，轩辕遂为人皇。
刑天舞干戚
人教大兴，轩辕黄帝屡屡得胜。蚩尤战败，巫族众人痛苦不堪。由于轩辕战蚩尤时，昊天天帝派九天玄女赠送天书支援，于是大巫刑天一怒之下欲伐天庭，逆天而行。刑天大战昊天天帝，被昊天天帝一剑斩下头颅，不料刑天怨念太深，冲天的暴戾之气吓跑了昊天天帝。
人族算计
巫族残存势力极少，其中以九凤为首。随后，人巫两族主张以和为贵，不料巫族首领九凤被颛顼偷袭算计，中了轩辕剑后重伤，逃进了洪荒星空。在洪荒星空中，九凤恢复伤势，更炼化了三颗太古星辰（七杀、破军、贪狼）。随后打算回到洪荒人间，杀死转世的颛顼，以报被辱之仇。
至此，巫族、妖族两族彻底销声匿迹，不复存在。
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巫族方面
主要人物：
十二祖巫（巫族最强者）、太古洪荒大巫（九凤、后羿、夸父、蚩尤、刑天等……）。
初始版本
十二祖巫乃巫族首领，又称“十二魔神”。乃盘古开天陨落后，下沉的浊气所化。祖巫天生肉身强横无匹，吞噬天地，操纵风水雷电，填山移海、改天换地。为洪荒神话中必不可缺的部分。分别为：共工、祝融、帝江、句芒、蓐收、烛九阴、强良、奢比尸、天吴、弇兹、玄冥、后土。其中，玄冥、后土实力